系统科学系源于1979年成立的系统工程系。系统工程系的成立得到了我国许多著名的系统科学家和重点高等院校的热情支持。钱学森先生出席了成立大会，并作了重要讲话。系统科学系现有管理科学、系统科学与工程本科专业，系统科学、系统工程硕士点，系统科学一级博士点，及系统科学博士后流动站。
管理科学本科专业以社会经济组织的科学管理为研究对象，培养掌握管理科学、经济学、数学和计算机科学的基本理论和专业知识，能够运用先进的管理思想、方法和技术以及数学和计算机模型对运营管理、组织管理和技术管理中的问题进行定量分析、决策制定和组织实施的复合型高级人才。2018年管理科学本科专业通过AACSB专业认证；2019年成为国家级一流本科专业建设点。
系统科学与工程专业具有工科与理科相结合，软体与硬体相结合，理论与实践相结合的显著特点。本专业的学生主要通过对系统的模型建模与仿真、管理信息系统、系统工程导论等专业理论知识的学习，并受到严格的科学实验训练和科学研究能力训练，培养能综合运用系统科学、控制科学、计算机科学和管理科学等方面的基本理论和方法，在自动化系统、网路与通信、生产系统、金融经济、社会管理等宽广领域从事系统建模、分析、控制、设计、研究、开发、运行和管理的宽口径、复合型高级人才。上海理工大学是少数开设系统科学与工程本科专业的高校之一。
系统科学硕士点、博士点、博士后流动站依托系统科学学科。系统科学学科是上海理工大学的优势学科。1995年成为原机械工业部重点学科；2008年成为上海市重点学科；2015年获批上海市高峰学科；2018年入选上海市双一流建设学科；2021年入选上海高水平地方高校创新团队；在教育部第四轮学科评估中名列全国第3名，在第五轮学科评估中取得优异成绩。
系统科学系拥有一支实力雄厚的师资队伍，其中包括国务院学科评议组成员1名，国家教学名师1名，上海市东方学者2名，上海市青年东方学者1名、上海市科技启明星1名、扬帆计划1名。目前，在岗在编的专任教师26名，其中教授6名，副教授16名，讲师4名。专任教师中100%的教师具有博士学位,师资队伍年龄结构、学缘结构、学位结构和职称结构合理，是一支高学历、高素质的优秀教学科研团队。
