系统科学系源于1979年成立的系统工程系。系统工程系的成立得到了我国许多著名的系统科学家和重点高等院校的热情支持。钱学森先生出席了成立大会，并作了重要讲话。系统科学系现有管理科学、系统科学与工程本科专业，系统科学、系统工程硕士点，系统科学一级博士点，及系统科学博士后流动站。
管理科学本科专业聚焦于社会经济组织的科学管理领域，致力于打造兼具深厚理论基础与强大实践能力的复合型高级人才。该专业学生能够扎实掌握管理科学、经济学、数学以及计算机科学等多学科的基本理论与专业知识，并熟练运用前沿的管理理念、方法和技术，借助精准的数学模型与高效的计算机模型，对运营管理、组织管理以及技术管理等多方面的复杂问题进行深入的定量分析、精准的决策制定以及有效的组织实施。本专业凭借其卓越的教育质量和专业实力，在 2018 年顺利通过 AACSB 这一国际权威的商学院认证，彰显了其在商学教育领域的卓越水平与国际接轨的教育理念。2019 年，管理科学本科专业凭借其在教学体系、课程设置、师资力量以及科研成果等方面的突出表现，成功入选国家级一流本科专业建设点，这不仅是对专业综合实力的高度认可，更凸显了其在学科发展和人才培养方面的领先地位。
系统科学与工程专业具有工科与理科相结合，软体与硬体相结合，理论与实践相结合的显著特点。本专业的学生主要通过对系统的模型建模与仿真、管理信息系统、系统工程导论等专业理论知识的学习，并受到严格的科学实验训练和科学研究能力训练，培养能综合运用系统科学、控制科学、计算机科学和管理科学等方面的基本理论和方法，在自动化系统、网路与通信、生产系统、金融经济、社会管理等宽广领域从事系统建模、分析、控制、设计、研究、开发、运行和管理的宽口径、复合型高级人才。上海理工大学是少数开设系统科学与工程本科专业的高校之一。
系统科学学科凭借其卓越的学术实力和深厚的历史底蕴，在国内乃至国际上均占据着举足轻重的地位，是学校的优势学科之一。该学科于 1995 年脱颖而出，成为原机械工业部的重点学科；2008 年，又成功跻身上海市重点学科的行列；2015 年，获批上海市高峰学科，彰显了其在学术领域的顶尖水平和强大的竞争力；2018 年，入选上海市双一流建设学科，进一步巩固了其在国内的领先地位；2021 年，入选上海高水平地方高校创新团队，标志着其在人才培养和科研创新方面取得了显著成就。在教育部第四轮学科评估中，该学科以优异的成绩名列全国第 3 名，而在第五轮学科评估中，同样取得了令人瞩目的优异成绩，成功跻身第一梯队。上海理工大学的系统科学硕士点、博士点、博士后流动站正是依托于这一优势学科，为广大学子提供了广阔的发展空间和优质的学术资源，培养了众多在系统科学领域具有深厚理论基础和创新能力的高素质人才，为推动学科发展和社会进步做出了重要贡献。
系统科学系拥有一支实力雄厚的师资队伍，其中包括国务院学科评议组成员1名，国家教学名师1名，洪堡学者2名，上海市东方学者2名，上海市青年东方学者1名、上海市科技启明星1名、扬帆计划1名。目前，在岗在编的专任教师37名，其中教授7名，特聘教授1名、副教授22名，讲师7名。专任教师中100%的教师具有博士学位,师资队伍年龄结构、学缘结构、学位结构和职称结构合理，是一支高学历、高素质的优秀教学科研团队。
以上数据截至2025年6月
